在组织争霸赛中，组织分组是根据报名情况和战力排行来决定的。每个玩家只有在报名后才能参和这个方法，且组织等级达到3级，上周累计组织密令达到90个的组织才可以报名参赛。该方法的难度特别高，需要你手里有更多的忍者组合队伍。在报名成功后，体系会根据组织战力排行，选取前16名的组织进入本服争霸赛。期间还有小组赛方法挑战，每组的组织通过对决决出胜负，最终每组胜出的组织进入决赛阶段。

如果体系是根据组织的整体战力进行排序，那么各个战力水平一致的玩家会进行决赛，成功的玩家才能进入争霸赛。战力通常是综合组织成员的实力、装备等级、忍者等级等影响分配的。因此大家可以从这多少方面提高自己的水平，争取进入争霸赛拿到更多的资源奖励。

还有一种方法是随机分配，在确定参赛组织后，这些组织会被随机分成若干小组。这种随机性可以增加玩家的升分率，避免强队提前相遇，同时也让每个组织都有机会展现实力。这个方法应该是公正性顶尖的，运气好的玩家是可以苟到最后，混到不少的奖励资源的。

掌握这些最基础的方法配置后，玩家要做的就是选择参和此次任务的忍者。各个忍者的实力水平不同，优先选择s级忍者升分率顶尖，还有就是看玩家的操作水平，低水平的玩家也许在分组赛的时候就被刷走了。